今年5月，“拉登之死”更是导致两国反恐合作面临全面危机。在未知会巴基斯坦这一打击“基地”组织最重要的盟友的情况下，美军海豹突击队深入离巴首都伊斯兰堡仅64公里的阿伯塔巴德，成功击毙拉登。巴基斯坦对此感到震怒：美无视巴在反恐战争中所作的贡献，也无视巴主权。美国对巴军方“对拉登下落知情不报”也表示愤怒，许多议员甚至要求停止对巴援助。

　　9月，美国驻阿富汗大使馆和北约驻阿富汗国际安全援助部队总部遭到一伙武装分子猛烈袭击，造成至少16人死亡、25人受伤。事件发生后，美国军政高官均指责巴基斯坦官方支持的伊斯兰极端组织“哈卡尼网络”发动了此次袭击。时任美军参谋长联席会议主席迈克·马伦在国会作证时，甚至公开指责“哈卡尼网络”是巴情报机构的“臂膀”，并表示美国将对巴方采取更强硬姿态。

　　彼此不信任感加深

　　持续不断的危机，使奥巴马政府开始反思：谁来为这些危机负责?美巴反恐合作是否已经走向危机?新时期美巴应该如何处理双边关系?

　　美巴之间持续不断的危机，已经影响到两国国内政治圈以及民众的态度。美军方以及国会许多议员认为，巴基斯坦是一个“不可信赖”的对象。12月5日，美国资深参议员麦凯恩敦促奥巴马政府“全面评估”与巴基斯坦的关系，并考虑削减或限制对巴基斯坦的军事和经济援助。他和另一名美参议员格雷厄姆在当天发布的一份声明中称：“是对美巴关系进行全面重新审视的时候了”，“特别是美国对巴基斯坦的安全和经济援助的方方面面都必须摆上桌面讨论，包括大幅减少援助并为援助设定更严格的标准。”他们还提议：“美国的对巴基斯坦政策必须基于以下现实认知：巴基斯坦的某种军事行动将对美国军人造成伤亡并危害我们的国家安全利益。”

　　另一方面，巴基斯坦反美情绪也在不断高涨。巴政府认为，美国只是自私地考虑到自己的反恐利益，并不顾及巴的主权和安全利益。巴民众也开始举行大规模的反美游行，目前在伊斯兰堡和卡拉奇的街道上，很容易见到高喊反美口号甚至焚烧美国国旗的示威人群。

　　美外交和安全的断层

　　美巴两国持续不断的危机和深深的彼此不信任，不仅极大地影响了美巴外交关系，更危及未来美巴反恐合作，尤其影响美军撤出阿富汗的进程。美国一些外交人士开始担忧：美国是否因短期的安全利益而忽略了长远的美巴关系的地区安全?

　　据《华盛顿邮报》报道，美国国务院一名官员认为，美国对该地区短期的安全目标和长期的外交目标之间出现了断层。这位不愿透露姓名的官员说，目前美国在该地区的反恐战争，已经扩张到这么一个程度：包括美国驻巴基斯坦使馆在内的该地区一些美使领馆中，反恐情报和战斗人员的数量已经超过了外交文职人员的数量，他们所从事的绝大部分工作都与反恐战争有关，甚至“在这里谈论外交已经显得不合时宜”。另一位国务院官员认为，美国在巴境内无视巴主权而为所欲为，的确容易让巴方暴怒。

　　美国驻巴基斯坦大使卡梅伦·蒙特认为，如果奥巴马总统就此次袭击事件向巴方道歉，将能够在一定程度上平息巴方的怒火。但白宫和美国国防部坚持认为在调查结果出台之前不道歉。卡梅伦对美军出动无人机空袭的时机和次数多次质疑，他甚至要求白宫澄清一件事情：他本人作为美在巴的最高代表，是否有权要求取消无人机的袭击行动。

　　事实上，美驻巴使馆、五角大楼以及中情局之间，一直都在相互指责。使馆认为，这些无谓的袭击将会断送美巴关系和美国在该地区的长远安全。而军方则认为，对运转不顺的弱势巴基斯坦政府的过度纵容，将会干扰美国的反恐大业。

　　尽管许多美国人相信，美国需要巴基斯坦的反恐配合，而巴基斯坦也需要美国经济和技术援助，只要这种相互需求仍然存在，美巴关系将会“斗而不破”。但也有许多专家认为，如果美国一直把反恐战争凌驾于巴基斯坦的国家主权之上，美巴间的反恐合作迟早要走向尽头。